میکروارگانیسم‌ها (باکتری‌ها) در زندگی ما انسان‌ها نقش مهمی را ایفا می‌کنند. همان‌گونه که در تولید مواد مفید و حیاتی از جمله فرایند تخمیر، تولید مواد شیمیایی بخصوص در صنایع داروسازی مورداستفاده قرار می‌گیرند از نقطه‌نظر دیگری به عنوان عامل مخرب و بیماری‌زا محسوب می‌شوند. همین دو عملکرد مخالف میکروارگانیسم‌ها باعث شده است که افرادی در زمینه‌های علمی میکروبیولوژی و بیوتکنولوژی آنها را به عنوان موجوداتی حیاتبخش و درخور اهمیت به شمار آورند.
فساد مواد غذایی و آلوده شدن به میکروارگانیسم‌های مخرب به شکل‌های مختلفی صورت می‌گیرد.
گاهی با علائم و نشانه‌هایی همراه است مانند، کپک نان که باکتری حاوی رنگدانه در سطح آن قابل مشاهده است.
گاهی نیز فساد ردی از خود به جا نمی‌گذارد اما به مرور تغییر در رنگ، شکل و بو پدید می‌آید، مثل ترش شدن شیر و نانی که تند و بیات شود.
در نوع دیگر آلوده شدن مادة غذایی به باکتری‌هایی نظیر سالمونلا، استافیلوکوکوس اورئوس و کلوستریدیوم بوتولینم و... که هیچگونه علائم خارجی ندارند و زمانی فساد تشخیص داده می‌شود که غذا مصرف شود و با بروز علائم مسمومیت به رشد میکروب در درون غذا و تولید سمّ توسط آن پی می‌بریم.
خطرناک‌ترین میکروارگانیسم کلوستریدیوم بوتولیم است که سمّ بوتولیسم را تولید می‌کند. این نوع مسمومیت بر اثر استفاده از غذاهای کنسروی بوجود می‌آید. خوشبختانه میزان این مسمومیت به علت پیشرفت در شناسایی این باکتری و تهیه آنتی‌توکسین۱ آن و دقت در نگهداری مواد غذایی به نحو قابل‌ملاحظه‌ای کاهش یافته است. این میکروارگانیسم در آب یا خاک زندگی می‌کند. هاگ۲ این باکتری ممکن است مواد غذایی خام را به گونه‌ای آلوده کند که اگر این مواد غذایی به حد کافی حرارت ببینند رفع خواهد شد ولی در صورتی که هاگ زنده بماند به سلول رویشی تبدیل و ترشح مقدار بسیار کمی از سم آن سبب مسموم کردن غذا می‌شود که اگر این غذا خام مصرف شود کمترین مقدار این سم با ورود به بدن بر سلسله اعصاب بدن حمله کرده و اختلال شدیدی در بینایی و شنوایی ایجاد می‌کند و در صورتی که آنتی توکسین به بیمار داده نشود سبب مرگ بیمار می‌شود. بنابراین غذایی که پخته شود اگر هم حاوی این سم باشد با حرارت از بین می‌رود و جای نگرانی نیست. در جریان فرایند کنسروسازی محصولات در معرض دمای بسیار بالا قرار می‌گیرند ولی باکتری بی‌هوازی جنس کلوستریدیوم به‌خصوص هاگ‌هایی که دارند نسبت به دما مقاوم هستند و زمانی که گاز ۲CO۲H تولید می‌کنند با باد کردن قوطی کنسرو اثر خود را نشان می‌دهند و می‌توان به وجود مسمومیت در کنسرو پی برد.
گوشت، محصولات گوشتی، پرندگان، تخم‌مرغ، انواع سوسیس و شیر و غیره می‌توانند آلوده به باکتری سالمونلا باشند. گوشت محیط کاملی برای رشد گروه بزرگی از میکروارگانیسم‌ها است زیرا دارای رطوبت بالا و سرشار از مواد غذایی نیتروژن‌دار و به اندازة کافی مواد معدنی و کربوهیدرات‌های قابل تخمیر است. وجود این نوع میکروارگانیسم (سالمونلا) که منبع اصلی آن رودة انسان و جانوران خونگرم است و معمولاً بوسیلة غذاهایی که منشأ حیوانی دارند یا توسط تماس با دست به مواد غذایی دیگر منتقل می‌شوند. فرآورده‌های گوشتی اگر به صورت خام مصرف گردند با رشد این باکتری در روده توأم شده و سبب بروز عفونت سالمونلایی می‌شود. بیماری با تب، سردرد، شکم‌درد، اسهال و استفراغ همراه است با رعایت اصول بهداشتی در آشپزخانه و دور نگهداشتن مواد خام و پخته از یکدیگر، همچنین نگهداری این مواد خوراکی در یخچال زمانی که به آنها نیازی نداریم از تکثیر این باکتری می‌توان جلوگیری نمود. از نشانه‌هایی که می‌توان پی به فساد گوشت برد تغییر رنگ، تغییر بو، لزج و چسبندگی گوشت است. همچنین گاهی در سطح گوشت کپک‌هایی مشاهده می‌شود که اغلب این کپک‌ها سطح چندانی را دربر نمی‌گیرد و با جدا کردن آن از بخش سالم می‌تواند مورد استفاده قرار گیرد. اما زمانی این فساد کل گوشت را دربر می‌گیرد و باعث نفوذ به درون گوشت نیز می‌گردد و می‌بایست از خوردن آن صرف‌نظر کرد چرا که آلوده به باکتری شده و غیرقابل استفاده است.
ماهی سریعتر و آسانتر از گوشت قرمز فاسد می‌شود و موجوداتی که در سیستم گوارشی ماهی وجود دارند بعد از مرگ ماهی به امعاء و احشای آن حمله می‌کنند. ماهی دارای درصد بالایی مواد نیتروژن‌دار غیرپروتئینی است که تحت یک واکنش شیمیایی باعث آزاد شدن مواد نیتروژن‌داری مانند اسیدهای امینه، امینها و قندها می‌شود که همه محیطی مناسب برای رشد میکروبی است. فساد ماهی از رنگ و بوی آن قابل تشخیص است. این تغییر رنگ در ماهی به صورت سبز متمایل به زرد، قرمز یا زرد تیره نمایان است و در گوشت قرمز رنگدانه‌ها به صورت آبی ـ زرد، قهوه‌ای و قهوه‌ای متمایل به سیاه و سبز آبی ظاهر می‌شود. نوع دیگر مسمومیت غذایی توسط میکروارگانیسم استافیلوکوکی که رایجترین نوع مسمومیت‌های غذایی است و عامل آن‌گونه‌های مختلف استافیلوکوکوس اورئوس است. این میکرب سم آنتروتوکسین تولید می‌کند که از مادة غذایی آلوده شده بوسیلة آن منتشر می‌شود.
بعد از مصرف چنین غذای آلوده‌ای با گذشت چند ساعت واکنش شدیدی مانند اسهال و استفراغ بروز می‌دهد. اغلب مواد غذایی حاوی این میکرب شیرینی‌های کرم‌دار، گوشت، محصولات گوشتی پرندگان، آبگوشت، تخم‌مرغ، انواع پودینگ‌ها و سالادهای کرم‌دار است. چنین مواد غذایی‌ای باید بعد از آماده شدن در یخچال نگهداری شوند چرا که سرمای یخچال مانع رشد این میکروب است. مسمومیت استافیلوکوکی اکثراً از خوردن غذاهای نگهداری شده در هوای گرم آشپزخانه، یا در ظروف گرم در مسافرت یا پیک‌نیک پدید می‌آید.
گاهی بر روی مواد غذایی خانواده غلات و برخی دانه‌های روغنی قارچی تکثیر می‌شود که نوعی ماده شیمیایی به نام میکوتوکسین از خود ترشح می‌کند که برای انسان سمی است و سبب بروز بیماری‌هایی چون، بیماری‌های خونی، اختلال در دستگاه عصبی، عوارض کبدی، اختلال کلیوی، اختلال در هورمون‌ها و سرطان می‌گردد. مهمترین بیماری که با میکوتوکسین ایجاد می‌شود سرطان کبد است. قارچی که حاوی میکوتوکسین است بر روی مواد غذایی و غلات رشد می‌کند و کلنی را ایجاد می‌کند که قابل رویت نیستند. در مناطقی که شرایط جوی مناسب است آلودگی به این قارچ زیاد نیست. برای جلوگیری از رشد این قارچ باید غلات و سایر مواد غذایی حساس را در شرایط مناسب نگهداری کرد. سبزی‌ها و میوه‌ها نیز در معرض حمله میکروارگانیسم‌های مضر هستند. له‌شدگی یا زخمی شدن میوه‌ها و سبزی‌ها محل مناسبی برای تکثیر باکتری‌ها و میکروب‌هاست و این روند در میوه‌ها و سبزی‌های سالم در تماس با سبزیجات فاسد سریع پیشروی می‌کند.سبزی‌هایی که محتوی اسید بالایی هستند کمتر در معرض فساد قرار دارند و سبزی‌هایی که محتویات اسیدی بالایی ندارند مانند هویج، کرفس و سیب‌زمینی مستعد پرورش چنین میکروارگانیسمی می‌باشند. گاهی در اثر وجود کپک این مواد غذایی دچار پوسیدگی می‌شوند و عامل گندیدگی نرم در میوه‌هایی (به غیر از گونه‌های مرکبات) مثل گوجه‌فرنگی، سیب‌زمینی، هویج و کلم را بوجود می‌آورند. برای جلوگیری از فساد و ضایعات در میوه‌ها و سبزی‌ها می‌بایست در هنگام کشت محصول، بسته‌بندی و حمل و فروش آنها نهایت دقت را کرد.در پخت غلاتی مانند نان، میکروارگانیسم‌ها در خمیر وجود دارند و در دمای بالا کشته می‌شوند ولی هاگ‌های آنها ممکن است زنده بمانند و به هنگام برش نان، بسته‌بندی یا حمل و نقل باعث آلودگی‌های بعدی گردد. اگر نان بلافاصله بعد از پخت بدون اینکه فرصت خنک شدن به آن داده شود بسته‌بندی شود، به علت تراکم ذرات آب در بسته‌بندی رشد میکروب‌ها تسریع می‌یابد و نگهداشتن آن در شرایط گرم و مرطوب تجزیه و فساد آن را تشدید می‌کند.
در فرآورده‌های قندی و فرآورده‌های تخمیری چون زیتون‌ها، انواع شور و کمپوت‌ها نیز ممکن است فساد صورت بگیرد. البته در محصولات قندی به علت بالا بودن غلظت اسمزی آنها فساد کمتر صورت می‌گیرد و باید توجه داشت که کمپوت‌ها و مرباها اگر در مدت طولانی در معرض هوا قرار بگیرند رشد کپک می‌تواند روی سطح شربت درون بطری یا ظرف را احاطه کند. در فرآورده‌های تخمیری نیز بوی نامطبوع و شناور شدن در محیط خود مثل خیارشور و... گاز درون ظرف حاکی از تولید باکتری‌های کپسول‌دار در محصول و لغزندگی آنها را در درون ظرف باعث می‌شود.
محصولات لبنی نیز در معرض فساد باکتری استریتوکوکوس‌ها قرار دارند. ترشیدگی شیر و پیدایش گاز در پنیر از جمله این فساد است. این قبیل فرآورده‌ها را باید در یخچال نگهداری کرد و از گذاشتن آنها در محیط گرم و به مدت طولانی در دمای اتاق جداً خودداری شود. کپک پنیر که از نوع کپک هوازی است با خارج کردن هوا از بسته‌بندی‌ها در جلوگیری از رشد آنها بر روی سطح پنیر مؤثر است.
نگهداری و مراقبت از مواد غذایی از جمله کارهایی است که می‌توان سطح آلودگی مواد غذایی را پایین آورد و به صفر رساند. درجه حرارت مهمترین عامل است هرچه درجه حرارت پایین‌تر باشد فساد نیز کمتر است در مناطق سرد درجه حرارت طبیعی به اندازه‌ای است که می‌توان غذا را بدون گذاشتن در یخچال تا مدتی نگهداری کرد. اما در مناطق گرم غذاهایی که در خارج از یخچال نگهداری می‌شوند در مدت چند ساعت یا چند روز فاسد می‌گردند. غذاهای حساس مانند گوشت، شیر عامل مهم هوا در فساد آنها مؤثر است پس باید در یخچال و در دماهای مناسب نگهداری شوند. غذاهای کنسروی در شرایط بی‌هوازی قرار گرفته‌اند و از همه میکروارگانیسم‌ها در امان هستند و در محل مناسب تا مدتی قابل نگهداری هستند.
علاوه بر موارد گفته شده مسمومیت بوسیله میکروارگانیسم‌ها عدة دیگری نیز از این موجودات هستند که به صور مختلف وارد غذا و مواد غذایی شده و تولید بیماری و سایر التهابات دستگاه گوارشی در انسان را ایجاد می‌کنند. رعایت نکات بهداشتی مناسب و آگاهی از چگونگی مراقبت و نگهداری مواد غذایی سبب کاهش این آلودگی‌ها می‌شود.
